Minashiro Soushi ist im Grunde das einzige Kind auf der Insel Tatsumiya, das die Wahrheit kennt - die Welt wurde in den letzten drei Jahrzehnten von einer außerirdischen Rasse namens Festum angegriffen, und Japan wurde vor 28 Jahren zerstört. Er ist der Sohn von Minashiro Kouzou, dem Kommandeur der geheimen Militärfestung Alvis, die im Darm der friedlich wirkenden Tatsumiya-Insel versteckt ist. Schon in jungen Jahren wurde Soushi gezüchtet, um der nächste Kommandeur von Alvis zu werden. Er hatte eine sehr isolierte Kindheit, in der er das schwere Geheimnis des Krieges trug und Tag für Tag erfuhr, dass er nur leben muss, um die Insel zu schützen. Obwohl er als Kinder sehr eng mit Kazuki befreundet war, sind sie aufgrund eines Vorfalls, bei dem Kazuki Soushis linkes Auge blendete, auseinander gerutscht, klammern sich aber wieder fest aneinander, um Unterstützung zu erhalten, wenn das Festum Tatsumiya angreift und es ist bis zu den beiden, um es zu verteidigen. Aufgrund seiner unvollständigen Vision kann Soushi keinen Fafner steuern und das Festum Hand in Hand bekämpfen. Stattdessen fungiert er als Kampfkommandant, der sich über einen Supercomputer namens Siegfried-System direkt mit den Köpfen aller Fafner-Piloten verbindet und sie im Kampf leitet. Alle Piloten, insbesondere Kazuki, halten ihn für Stärke und Führung fest - eine Last, die er mit Anmut und Stoizismus schultert. Aufgrund seiner jahrelangen virtuellen Isolation ist er sozial eher unbeholfen (tatsächlich finden ihn die meisten Menschen ziemlich unnahbar oder halten ihn fälschlicherweise für hartherzig). Kazuki allein scheint sich zu bemühen, ihn zu verstehen und sich mit ihm anzufreunden, und die beiden kommen sich im Verlauf der Serie sehr nahe. Soushi hat auch eine kleine Schwester namens Tsubaki, die der Inselkern ist und alle Computersysteme darauf antreibt.