Die Geschichte des neuen Films spielt im Okoya Forest, einem Pokémon-Paradies, das durch strenge Regeln geschützt ist, die es Außenstehenden verbieten, einen Fuß hinein zu setzen. Der Film dreht sich um Koko, einen Jungen, der von Pokémon aufgezogen wurde und sich auch als einer betrachtet, der das mythische Pokémon Zarude als seinen Vater behandelt. Der Film konzentriert sich auf das Thema eines "Menschen, der von Pokémon aufgezogen wurde", anstatt auf den Fokus der vorherigen Filme auf die "Bindung zwischen einem menschlichen Trainer und seinem Pokémon".
Beverly