Takashi Natsume und sein Geisterbegleiter Madara, mit dem Spitznamen "Nyanko", geben weiterhin die Namen von Geistern aus dem Buch der Freunde zurück, das ihm seine verstorbene Großmutter Reiko Natsume. gegeben hat. Auf dem Rückweg von der Schule trifft Takashi eines Tages auf einen lauernde Geist namens Monmonbou, der sich nach dem Hören seines Namens an die Erinnerungen an Takashis Großmutter erinnert. Takashis natürliche Neugier führt ihn dazu, eine mysteriöse Stadt zu erkunden, in der seine Großmutter früher lebte. . Freundschaft mit ihrem alten Bekannten Yorie Tsumura und Yorie Sohn Mukuo, Takashi enthüllt mehr von seiner Großmutter Vergangenheit. In der Zwischenzeit, Nyanko Umgehungen für Essen und stolpert auf eine verdächtige "Spirit Seed", die wunderbar in einer Nacht in einen Obstbaum sprießt. Unter der Versuchung, Nyanko verzehrt die Frucht, teilt ihn in drei. Auf der Suche nach einer Lösung für Nyankos Dilemma, geben Takashi und seine Freunde eine Hand, und entdecken unerwartet weitere Geheimnisse, die die Stadt im Prozess hält.
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