Valkyria Chronicles spielt auf einem fiktiven Kontinent, der an das Europa der 1930er Jahre erinnert. Der Kontinent, Europa genannt, ist in zwei Hauptmächte unterteilt: Das Kaiserreich, eine Monarchie im Osten, und die Allianz der Demokratien, die Föderation im Westen genannt wird. In dieser Welt gibt es eine sehr wichtige Ressource namens Ragnite; ihre Verwendung reicht von der Befeuern von Kriegswaffen bis hin. Da Ragnite eine so wichtige Ressource ist, sind die Föderation und das Imperium ständig im Krieg miteinander. Die Geschichte spielt im neutralen Land Gallia, bekannt für seine reichlichen Reserven an Ragnite, als das Imperium beschließt, zu invadieren und das Ragnite für sich zu erobern. Die Geschichte folgt Welkin, dem Sohn eines ehemaligen Kriegshelden; Isara, Welkins Darcsen Adoptivschwester; und Alicia, ein Mitglied der Bruhl Stadtwache, während sie gegen die Imperials in der zerstreuten Gallian Milizgruppe, Squad 7. Squad 7 kämpfen, um ihre Häuser und ihren Lebensunterhalt zurückzugewinnen. Welkin ist der Kommandant des Edelweiss-Panzers; Alicia als Pfadfinderin; Isara als Pilot der Edelweiss und eine Vielzahl von bunten Individuen.