Im Jahr 2199 steht die Erde vor ihrer größten Krise. Aufgrund der unerbittlichen Bombenanschläge der außerirdischen Rasse "Gamilas" kann der Planet seine Bewohner nicht mehr ernähren. In genau einem Jahr wird die Menschheit aussterben. In ihrer Verzweiflung errichten die Menschen auf der Erde die Earth Defense Force, ihre letzte Verteidigung gegen das machtgierige Gamilas-Reich. Die Menschheit findet jedoch einen Hoffnungsschimmer, nachdem sie eine Nachricht vom mysteriösen Planeten Iscandar, erhalten hat, die ihnen ein Gerät bietet, mit dem die Erde wieder zu ihrem früheren Glanz zurückkehren kann. Mit der Rettung in Sicht ruft die Earth Defense Force die produktive Space Battleship Yamato auf und stellt schnell eine Besatzung zusammen, um die 168.000 Lichtjahre dauernde Wanderung nach Iscandar zu unternehmen und ihre Hilfe zu erhalten. Unter der Besatzung befinden sich junge Offiziere Susumu Kodai und Daisuke Shima, sowie einige andere neu beförderte Führer, alle unter dem Kommando des angesehenen Kapitäns Juuzou Okita. Die unerfahrene Besetzung von Uchuu Senkan Yamato 2199 muss lernen, wie man mit der innovativen Technologie der Schiffe umgeht, während sie mit dem Ansturm der Gamilas-Flotten umgeht. Sie muss jeden Zentimeter ihrer Entschlossenheit aufbringen, um die vielen Nöte an Bord der Yamato zu überleben und ihre Mission zu erfüllen: die Menschheit zu retten, bevor auch sie late.Source: MyAnimeList
Die Serie wird in denselben Kinos verkauft, in denen die Yamato-Filme an denselben Tagen gezeigt werden, dh gleichzeitig. Die ersten beiden Folgen der TV-Serie (die mit der OVA-Serie identisch ist) wurden auf der Family Gekijou ausgestrahlt fähig und Satellitenkanal am 6. und 7. April 2012. Der Rest der Folgen wird ab dem 7. April 2013 auf MBS & TBS ausgestrahlt.