Nach Jahren des fruchtlosen Krieges zwischen den vier Bereichen von Gamindustri (Planeptune, Lastation, Lowee und Leanbox) um Share Energy, die Quelle ihrer Stärke, basierend darauf, wie sehr ihre Leute an ihre Göttinnen glauben, haben die vier CPUs, die über sie herrschen, endlich unterzeichnete einen Freundschaftsvertrag. Der Vertrag verbietet jeden Versuch, Energie durch militärische Gewalt zu teilen, in der Hoffnung, Frieden und Wohlstand in ihre Welten zu bringen. Doch einen Monat nach dem Vertrag verbringt Neptune, die CPU-Göttin von Planeptune, ihre Zeit damit, sich zu verarschen und Spiele zu spielen, anstatt ihren Job zu erledigen, und verlässt ihr Land eine äußere Bedrohung, die das Ende sowohl der Göttinnen als auch von Gamindustri selbst bedeuten könnte ...
Choujigen Game Neptune The Animation verändert und komprimiert stark die Ereignisse der Videospiele, die als Grundlage für das Franchise dienen, um eine originelle Geschichte zu erstellen.