Mit fünf neuen Kindern und einer aufregenden neuen Mission in der digitalen Welt bringt Digimon Frontier all die großartige Action und das Abenteuer der letzten drei Spielzeiten zurück. Takuya, Kouji, Izumi, Junpei. und Tomoki treffen sich in einem Zug, der sie in die digitale Welt bringt, wo ein Krieg gegen das Böse geführt wird. Der Engel Digimon, Cherubimon, einer der drei Engel, die gesandt wurden, um die Welt vor dem machtgierigen Lucemon, zu retten, hat sich der dunklen Seite zugewandt und die gesamte digitale Welt ist in Gefahr. Um diesen großen Kampf zu führen, müssen die fünf AUSGEWÄHLTEN den Densetsu no Spirit (Legendary Spirit) finden.