Nach der Eroberung der Galaxie hat die Menschheit ihren Höhepunkt erreicht und befindet sich nun in einem stetigen Niedergang. Die Ressourcen des Universums nehmen ab und rund 500 Milliarden Menschen kehren nach Hause zur Erde zurück. So beginnt ein Krieg zwischen den verschiedenen Fraktionen der Menschen um die Kontrolle über den Planeten. Schließlich verhindert eine autoritäre Regierung, die als Gaia-Sanktion bekannt ist, die Wiederbevölkerung der Erde.Captain Herlock war einer der Elite-Flügel, der von der Gaia-Sanktion beauftragt wurde, die Erde zu verteidigen. Seine Schiffsflotte war unter seinem Kommando nicht aufzuhalten. Die Gaia-Sanktion erlaubt jedoch einer diplomatischen Elite, auf die Erde auszuwandern, was Herlock verärgert. Er geht Schurke und schießt auf die Diplomaten und den Rest seiner Flotte. Er beschließt, dunkle Materie auf dem Planeten freizusetzen, um sie unbewohnbar zu machen, wird aber auch von ihr verschlungen, was ihn unsterblich macht. Einhundert Jahre sind vergangen, und die legendäre Captain Herlock ist immer noch auf freiem Fuß, nur das Arkadien unter seiner Kontrolle. Die Gaia-Sanktion setzt ihre Pläne zur Kontrolle über die Erde fort und verbirgt ihren wahren Zustand. Aber Captain Herlock bereitet sich auf einen letzten Showdown mit ihnen vor, der das Schicksal der Welt bestimmen wird!