Klasse 3-E bereitet sich auf ihre Klassenreise nach Kyoto vor und Koro-sensei ist so aufgeregt wie immer! Nagisa gehört zu einer Gruppe mit Kaede, Karma, Tomohito, Manami, und dem Klassenidol Yukiko Kanzaki. Die Schüler sind sich der Tatsache bewusst, dass dies eine großartige Gelegenheit ist, Koro-sensei, zu ermorden, aber sie können nicht anders, als eine großartige Zeit mit ihm zu haben. Die Reise wird jedoch noch aufregender und gefährlicher, wenn sie von einer Gruppe von Straftätern angegriffen werden, die die Mädchen entführen. Als ob das nicht genug wäre, lauert ein angeheuerter Scharfschütze namens Red Eye herum, der bereit ist, derjenige zu sein, der Koro-sensei ermordet und den Preis beansprucht. Können sich die Schüler der Klasse 3-E auch jetzt noch auf Koro-sensei verlassen?