Im Jahr 2066 verlässt die Republik Hontworl, ein Gründungsmitglied der Vereinten Nationen, die Organisation, ohne ihre Motive zu erläutern. Dies verursacht eine Empörung innerhalb der Vereinigten Staaten und bringt die Sicherheit der Welt in Gefahr. Kurz nach diesem Vorfall wird Myori, die Hauptstadt der Republik Triade, von einer vogelähnlichen, fliegenden Festung angegriffen, die als Turtle King bekannt ist. Die Internationale Wissenschaftsorganisation, die von Dr. Kouzaburou Nanbu geleitet wird, hat die Aufgabe, sich damit zu befassen dieser mysteriöse Feind. Gleichzeitig verschwinden die führenden Wissenschaftler der ISO. Die fünf Mitglieder des Science Ninja-Teams, die Gatchaman -Krieger, sind aufgefordert, den Dingen auf den Grund zu gehen. Es ist Jahre her, seit das Team gegen Berg Katze und die berüchtigte Galactor-Organisation gekämpft hat. Wird Ken, auch bekannt als der Adler, sein Team noch zum Sieg gegen diese höchste Macht des Bösen führen können?