Junpei Iori ist der beste Freund der Hauptfiguren, obwohl die beiden oft uneins sind. Er spielt den Klassenclown, um seine Unsicherheiten zu verbergen. Junpeis gewählte Waffe ist ein Zweihandschwert, das er wie einen Baseballschläger führt. Seine Personas zeichnen sich durch physische Angriffe und Party-Buffs aus und können auch schwache Feuermagie wirken. Junpei tritt SEES zu Beginn des Spiels bei. Während der Dunklen Stunde wurde er weinend in einem Supermarkt gefunden und erkannte nicht, dass er das Potenzial hatte, eine Persona anzurufen, bis Akihiko ihm davon erzählte. Seine Entscheidung, sich SEES anzuschließen, war schnell und er zog sofort in ihr Wohnheim, zu Yukaris Bestürzung.