Yui Hongo ist die Priesterin von Seiryuu. Als intelligentes und reifes Mädchen ist sie eine Schülerin der zehnten Klasse und die beste Freundin von Miaka Yūkis. Im Herzen eine leidenschaftliche Person, neigt sie dazu, die Welt in Schwarzweiß zu sehen und ist leicht wütend auf wahrgenommenen Verrat. Yui ist zuversichtlich und mutig bei allem, was sie tut, sehnt sich aber danach, dass sich jemand um sie kümmert. Im Manga wird offenbart, dass Yui sich die Haare geschnitten hat, um die Aufmerksamkeit zu vermeiden, die sie von Jungen bekam. Yui wird zunächst mit Miaka in das "Universum der vier Götter" gebracht, kehrt aber fast sofort in die reale Welt zurück und wird derjenige, der das Buch liest, damit die Ereignisse in der Welt voranschreiten. Sie wird jedoch in dem Buch gefangen, während sie versucht, Miaka zu helfen, in die reale Welt zurückzukehren. Danach nehmen Banditen Yui gefangen und schlagen sie bewusstlos. Als sie wieder zu sich kommt, glaubt sie, vergewaltigt worden zu sein und versucht verzweifelt, sich umzubringen. Nakago rettet sie und überzeugt sie, dass Miaka für Yuis Unglück verantwortlich ist, so dass Yui nicht weiß, dass Nakago sie vor dem Vorfall mit den Banditen gerettet hat und dass sie überhaupt nicht vergewaltigt wurde. Er manipuliert Yui, um die Priesterin von Seiryū zu werden, und überzeugt sie davon, dass es Yui ermöglichen wird, sich an Miaka zu rächen. Sie stimmt eifrig zu und schwört, gegen Miaka zu kämpfen und ihren Geliebten Tamahome wegzunehmen, von dem Yui angezogen wurde.