Eiji Shinjo, der Hauptprotagonist der Serie, trat zum ersten Mal in der Battle Arena Toshinden als zunächst spielbarer Charakter auf und trat fortan in allen späteren Spielen auf, einschließlich der nur in Japan veröffentlichten Spin-offs. Er gastiert auch in einem anderen von Takara, D-Xhird, veröffentlichten Kampfspiel als versteckter, spielbarer Charakter. Eiji ist ein Abenteurer, der zusammen mit seinem Freund Kayin Amoh von seinem älteren Bruder Sho im Schwertkampf ausgebildet wurde. Allerdings hatte Sho das Paar eines Tages plötzlich unerwartet verlassen und seitdem ist Eiji entschlossen, seinen älteren Bruder zu finden. Eiji hatte an den ersten beiden Toshinden-Turnieren teilgenommen, in der Hoffnung, seinen verlorenen Bruder zu finden. Im ersten Turnier fand Eiji seinen Bruder und wurde leicht von ihm besiegt. Im zweiten Turnier trifft er wieder auf ihn, aber diesmal ... Sho besiegt ihn kaum. Trotz dieser beiden Verluste gelang es ihm, die Geheimgesellschaft im zweiten Spiel zu zerstören. Eiji erfuhr dann, dass er von der Organisation ins Visier genommen wurde und nahm an dem dritten von ihr veranstalteten Turnier teil. Mit Hilfe der Kämpfer auf seiner Seite gelang es ihm, die Organisation und ihren Anführer Abel zu zerstören. Kurz darauf traf Sho in einem entscheidenden Kampf erneut auf Eiji. Am Ende des Spiels hatte Sho seinen Sohn Subaru in seiner Obhut gelassen, und es wird vermutet, dass Eiji diesmal gewann. Bevor Eiji jedoch die Gelegenheit hatte, sich wieder vollständig mit seinem Bruder zu vereinen, war Sho unmittelbar danach wieder verschwunden und Sho wurde seitdem nicht mehr gehört. In den nächsten Jahren hatte Eiji Subaru im Schwertkampf geschult und schließlich sein Katana an ihn weitergegeben. Eiji wurde dann angeboten, der Führer einer neu reformierten Geheimgesellschaft zu werden. Er akzeptierte und hoffte, die Macht der lange korrupten Organisationen zum Guten zu wenden. Mit Hilfe der inhaftierten veränderten Menschen Eos und Zero hatte Eiji das vierte Turnier veranstaltet und daran teilgenommen, um die vier heiligen Waffen zu sammeln. mächtige, mystische Waffen basierend auf den vier Symbolen der chinesischen Konstellationen. Während des Turniers hatte Eiji die Gelegenheit, gegen seinen Neffen Subaru zu kämpfen, in der Hoffnung zu sehen, wie sich seine Kampffähigkeit innerhalb der Zeit selbst entwickelt hatte. Obwohl Eiji froh war zu wissen, dass die Kampffähigkeiten von Subarus fast identisch mit sich selbst und Shos waren, konnte er es sich nicht leisten, den Fokus auf seine eigentliche Aufgabe zu verlieren, nämlich seinen langjährigen Feind Vermilion zu konfrontieren und gegen ihn um den Besitz der Vier Heiligen zu kämpfen Waffen. Das Ergebnis dieses Kampfes bleibt ein Rätsel, aber es ist wahrscheinlich, dass Eiji Vermilion getötet und die Welt vor der totalen Zerstörung gerettet hat.