Fuuka ist ein schüchterner Junior, der dafür bekannt ist, krank zu sein. Im Gegensatz zu den anderen Mitgliedern von SEES hat sie weder Kampffähigkeiten noch ihre Personas. Stattdessen nimmt sie Mitsurus als taktische Unterstützung des Teams ein. Fuukas Aufgabe ist es, vorherzusagen, wo aufstrebende Bosse zu finden sind, die Schwächen verschiedener Feinde zu analysieren und die Schlachten zu kommentieren. Sie informiert auch über den medizinischen Status des Teams. Einige Monate nach Beginn des Schuljahres wird Fuuka für einige Tage vermisst. Yukari, Junpei und die Hauptfigur beschließen, Nachforschungen anzustellen, nachdem Mädchen, die einst Fuuka gemobbt haben, seltsame Dinge passiert sind. Es stellt sich heraus, dass die Mädchen Fuuka in der Turnhalle eingesperrt haben, wo sie versehentlich in Tartarus gefangen war. SEES nimmt an einer gefährlichen Mission teil, um sie zu retten. In Tartarus wird Fuuka zur Realität ihrer Persona-Kraft erweckt. Zur gleichen Zeit wandert Natsuki, eines der Mädchen, die Fuuka gemobbt haben, in die Schule, um zu sehen, ob es Fuuka gut geht. Fuuka, der Natsuki trotz allem rettet, was Natsuki ihr angetan hat, und beide werden danach schnelle Freunde, obwohl Natsuki keine Erinnerung an den Vorfall hat. Unter dem Einfluss von Natsuki und SEES verwandelt sich Fuuka von einem schüchternen und isolierten Mädchen in eine willensstarke, mitfühlende junge Frau. Sowohl ihre Persona als auch ihre Hacking-Fähigkeiten manifestieren ihren Wunsch, immer mit ihren Freunden verbunden zu sein. Fuuka ist eines der Mädchen, mit denen die Hauptfigur im Laufe des Spiels ausgehen kann. Da es bei der Datierung von Fuuka darum geht, ihre schreckliche Küche zu probieren, muss der Hauptcharakter seine Mutstatistik maximieren, bevor er sie fragen kann. Wenn der Hauptcharakter die richtigen Entscheidungen trifft, wird sich Fuuka in ihn verlieben und er kann ihr helfen, sich als "unweiblicher" Computerfreak wohler zu fühlen.