Shougo Amakusa war ein Schüler und Neffe von Hyoue Nishida. Shougos Name bei der Geburt war Shougo Muto. Nachdem seine beiden Eltern als Christen gemartert worden waren, zogen Shougo und seine Schwester Sayo mit Hyoue auf den Kontinent. Hyoue lehrt Shougo das Hiten Mitsurugi-Ryu, Hyoue war jedoch nicht qualifiziert, das Hiten Mitsurugi-Ryu weiterzugeben, und infolgedessen missbraucht Shougo die Technik mit katastrophalen Ergebnissen. Hyoue verlor seine Position als Nachfolger des Hiten Mitsurugi-ryu, als er seinen Meistern Kuzu Ryu Sen nicht entgegenwirkte und auf ein wässriges Grab fiel, den Vorfall jedoch auf wundersame Weise überlebte (Hyoues Meister war Seijuro Hiko der 12., dessen Nachfolger Seijuro Hiko der war 13. Kenshins Meister). Sobald Hyoue seinen Fehler erkennt, Shougo den Hiten Mitsurugi-ryu beizubringen, versucht er Shougo aufzuhalten. Aber Shougo macht Hyoue dauerhaft blind für den Rai Ryu Sen, eine Technik, die Shougo erfunden hat und die einzige Technik, die dem Hiten Mitsurugi-ryu seit seiner Gründung hinzugefügt wurde. Nachdem Shougo das Hiten Mitsurugi-ryu gelernt hatte, kehrte er nach Japan zurück und wurde der Anführer eines verborgenen christlichen Kultes in Shimabara. Er benutzt das Hiten Mitsurugi-ryu, um Regierungsbeamte zu töten, die während des Shogunats eine Rolle bei der Unterdrückung der verborgenen Christen spielten. Shougo überzeugte seine Anhänger, dass er der Sohn Gottes ist und auch der selbsternannte Nachfolger von Shirō Amakusa (einer japanischen historischen Figur des 17. Jahrhunderts) wird, indem er seinen Namen von Shougo Muto in Shougo Amakusa änderte und die Rolle zur Rache des Todes nutzte von seinen Eltern und den Mitchristen, die als Kind unterdrückt und gemartert wurden.