Zu Beginn der Serie ist Kudou Shinichi ein 17-jähriger Schüler der Teitan High School. Er ist bereits als brillanter junger Detektiv bekannt, der "Retter der Polizei", der viele schwierige Fälle gelöst hat, die die Fachleute nicht konnten. Bei der Untersuchung zweier mysteriöser Männer wird er jedoch entdeckt und gezwungen, ein experimentelles Gift namens APTX 4869 zu schlucken. Dies führt dazu, dass sein Körper auf den eines 6-Jährigen schrumpft. Shinichi hat nach Arthur Conan Doyle und Edogawa Rampo den Pseudonym Conan Edogawa und gibt vor, ein entfernter Verwandter von Agasas zu sein, der Conan in Rans Obhut nimmt. Rans Vater Mouri Kogorou besitzt eine Detektivagentur, die Conan zu seinem Vorteil nutzt, um Fälle zu entdecken, an denen die Black Organization beteiligt ist. Als Conan hilft Shinichi Rans Vater bei der Lösung von Fällen, indem er ihn einschläfert und die kogoröse Stimme mit dem speziellen Fliege-Gerät simuliert, das Professor Agasa für ihn gemacht hat. Indem er Fälle nacheinander löst, hilft er beim Aufbau eines kogorösen Rufs, der später als "schlafender Kogorou" bezeichnet wird. Er verbringt auch viel Zeit mit seinen Detective Boys-Kollegen und löst viele kleine Fälle mit ihnen und manchmal in Begleitung von Professor Agasa. Conan bleibt Ran sehr nahe, der ihn im Gegenzug sehr beschützt. Da Ran sich seiner wahren Identität jedoch nicht bewusst ist, befindet sich Conan oft in unangenehmen Situationen mit ihr, beispielsweise als sie ihm ihr Gefühl für Shinichi gestand und ihn in einer heißen Quelle mit ihr baden ließ. Conans Intelligenz bleibt intakt, obwohl er zu einem Kind geschrumpft ist. Als Shinichi brachte ihm seine deduktive Fähigkeit die Moniker "Heisei Holmes" und "Retter der japanischen Polizei" ein. Conan verfügt über ein außerordentlich breites Wissen über viele Themen und Wissenswertes, die ihm helfen, Fälle zu lösen und schwierigen Situationen zu entkommen. Conan versucht, im Umgang mit Erwachsenen kindlich zu sprechen, gerät jedoch häufig in den aktuellen Fall und beginnt wie ein Erwachsener zu sprechen, bezieht sich auf fortgeschrittene Themen und verwendet Argumente, die für ein normales Kind viel zu komplex sind. Wenn dies geschieht, versucht er oft, es als "etwas, das er im Fernsehen gehört hat" oder "unterrichtet von Onkel Kogoro / Professor Agasa / Shinichi-niichan" auszugeben. Ebenso bemüht er sich nicht, seine Liebe zu Sherlock Holmes und Fußball zu verbergen. Wenn er also zu ausführlich über eines der beiden Themen spricht, versucht er, dem Verdacht zu entgehen, indem er sagt, es sei etwas, worüber Shinichi ihm erzählt hat. Obwohl sich die Erwachsenen um ihn herum im Verlauf der Serie mehr daran gewöhnt haben, "für ein Kind ziemlich schlau zu sein", was dazu führt, dass er sich mehr wie er um sie herum verhält, versucht er immer noch, als normales Kind zu gelten. Die einzigen Polizisten, mit denen Conan professionell sprechen kann, sind das FBI, insbesondere Jodie Starling, Shuichi Akai, James Black und Inspektor Kansuke Yamato von der Nagano-Polizei, die alle den Verdacht haben, dass Conan mehr zu bieten hat, als man denkt . Conan tendiert dazu, sich gegenüber den Detective Boys eher wie er selbst zu verhalten, selbst bis zu dem Punkt, dass sie es seltsam finden, wenn er sich gegenüber Erwachsenen wie ein Kind verhält. Er wird oft Spiele wie Baseball mit den Detective Boys spielen, aber er ist zu sehr an Fußball gewöhnt, um gute Leistungen zu erbringen, und er wird sogar instinktiv Fußballtechniken anwenden, wie z. B. das Einspielen von Spielen, die dies nicht erfordern. Da er mit populären Spielen und TV-Shows nicht vertraut ist und schlecht mit Videospielen umgehen kann, neigen Genta und die anderen dazu, ihn als dumm zu betrachten. Dies ärgert Conan so sehr, dass er heimlich im Wohnzimmer fernsehen wird, nachdem Kogoro und Ran schlafen gegangen sind, um mehr "Übung" zu bekommen.