Kaji ist zwar nur ein Sonderinspektor, arbeitet aber heimlich für SEELE und untersucht die wahren Absichten von NERV. Er wird immer bei seinem Nachnamen Kaji genannt. Während des Studiums hatte er eine ernsthafte Beziehung zu Misato, aber nachdem sie sich lange getrennt hatten, sehen sie sich wieder auf der UN-Flottenfähre Unit 02 und ihrem Piloten Asuka Langley Soryu nach Japan.