Shinomori Aoshi wurde als Ninja des Oniwabanshū erzogen, der während der Edo-Zeit für die Shogunat-Regierung arbeitete. Er half Makimachi Misao von Kindheit an als Mitglied des Oniwabanshū zu erziehen. Nach der Revolution arbeiteten Aoshi und diese Mitglieder stattdessen für den korrupten, machtgierigen Geschäftsmann Takeda Kanryū, da einige Mitglieder des Oniwabanshū sich nicht an das Leben in der Meiji-Ära anpassen konnten. Zu den Untergebenen von Aoshis gehörte Beshimi, der sich auf Pfeile und Gift spezialisiert hatte; Hyotoko, dessen Name wörtlich "Feuermann" bedeutet und Feuerstein- und Stahlzähne verwendet, um Feuer zu atmen; Hannya, eine erfahrene Kampfkünstlerin, geschickte Ninjutsu-Praktizierende und Aoshis-Studentin; und Shikijou, ein "Muskelmann". Aoshi selbst bleibt ein Rätsel. Er zeigt selten (wenn überhaupt) Emotionen in oder außerhalb eines Kampfes. Seine Waffe zu Beginn der Serie umfasste nur einen Kodachi (in Kombination mit Kampfkunst). Nach seiner Niederlage bei Himura Kenshins in der Kanryus-Villa widmete er sich jedoch voll und ganz der Rache für seine gefallenen Kameraden. Als Aoshi das nächste Mal auftaucht, benutzt er Doppelkodachi und scheint seine Gefühle völlig ignoriert zu haben, um Himura zu töten. Sie kämpfen in der Villa Shishio Makotos, um die Rechnung zu begleichen, und als die Kämpfe ausbrechen, erkennt Aoshi, wo er falsch gelaufen ist, und wird zu einem Verbündeten.