In den Sommerferien trifft Ruka zwei Jungen, "Umi" und "Sora,", deren Erziehung seltsame und wunderbare Geheimnisse enthält. Ruka und die Erwachsenen, die sie kennen, sind von ihrem schönen Schwimmen angezogen, fast wie Fliegen, und sind in einem komplexen Netz miteinander verflochten ... Währenddessen tritt auf der ganzen Welt eine ungeklärte Anomalie auf: Fische verschwinden. So beginnt ein Meeresabenteuer von Jungen und Mädchen, um alle Sinne zu fesseln!
Kaijuu no Kodomo wurde vom 21. Juli 2009 bis 18. Juni 2013 von VIZ Media unter dem SigIkki-Impressum in englischer Sprache als Children of the Sea veröffentlicht.