Es ist das 16. Jahr der Meiji-Ära. Fünf Jahre sind vergangen, seit Kenshin Himura den Aufstand von Makoto Shishio gestoppt hat. Obwohl die Flammen seiner aufkeimenden Revolution erloschen sind, sind die Narben, die sie hinterlassen haben, immer noch in ganz Japan zu spüren. Überreste seiner Gruppe - obwohl verstreut - existieren noch. Einige haben Frieden gefunden, während andere weiter kämpfen. Nachdem eine verbleibende Fraktion versucht hatte, die Revolution wiederzubeleben, fiel Shishios altes Schwert in die Hände von Ashitarou Hasegawa, einem Waisenjungen, der noch nie ein Zuhause gekannt hat. Der Konflikt lässt auch sowohl Aran Inoue, einen 16-jährigen halb japanischen, halb amerikanischen Jungen, als auch ein Söldnermädchen namens Asahi Kubota mit einem hohen Preis zurück, der sich auszahlen lässt, und nirgendwo anders hin. Aber zum Glück für diese Personen war das Kamiya-Dojo immer ein Ort, an dem man Wanderer aufnehmen konnte, ohne sich in ihre Vergangenheit zu vertiefen. Die drei wollen unbedingt neu anfangen. Wenn also zwei Mitglieder des ehemaligen Clans von Asahis auftauchen und ihre Rückkehr fordern, lehnt Asahi ab und die Dinge beginnen hässlich werden. Inmitten des Chaos werfen die Clanmitglieder ein Paket mit einem Bild des Dojo-Besitzers Kaoru Kamiyas, vermutlich des verstorbenen Vaters, und seines Aufenthaltsorts - Hakodate, Hokkaido. Mit nur diesen Informationen begeben sich die Mitglieder des Kamiya-Dojos auf ein Abenteuer über das Meer in der Hoffnung, Neuigkeiten über Kaorus Vater und den Grund, warum er ins Visier genommen wird, zu finden. Quelle: MyAnimeList