Das Jahr ist 200X und jeder ist jetzt mit dem Cyber Network verbunden. Menschen tragen ihr eigenes PET (Personal Terminal) und sind mit einem Programm für künstliche Intelligenz namens NetNavi (oder NetNavigator) verbunden. Computer haben die Welt in eine helle und glänzende Utopie verwandelt, aber im Paradies gibt es immer Probleme. Während die Erfindung von PET und NetNavis der Welt große Vorteile gebracht hat, werden Computer-Hacking, Verbreitung von Viren und andere High-Tech-Verbrechen zu einem Hauptproblem. Eine finstere Organisation namens World Three ist erschienen und sie haben geschworen, dieses technologische Wunderland zu zerstören. Betreten Sie unseren jungen Helden Lan Hikari, einen äußerst neugierigen und fröhlichen Fünftklässler. Mit seinem NetNavigator MegaMan synchronisiert, wird er zu einem aufgeladenen Dynamo. Im und außerhalb des Netzes geben Lan und MegaMan ihr Bestes, um die unendliche Suche nach der Übernahme der Welt durch World Threes zu vereiteln! (Quelle: Viz Media)
Rockman.EXE wurde vom 21. April 2004 bis 5. Februar 2008 von VIZ Media in englischer Sprache als MegaMan NT Warrior veröffentlicht.