Nachdem Alita in der ursprünglichen Manga-Serie von der Puppenbombe getötet wurde, wird sie von Desty Nova. wiederbelebt. Die Wissenschaftlerin aus Tipharean rekonstruiert ihr Gehirn - bringt Fragmente ihrer Vergangenheit hervor - und gibt ihr einen neuen Körper, der ihre unglaubliche Kraft voll ausnutzen kann. Als sie aufwacht, befindet sich Alita in einem zerstörten Tiphares, in dem ein Kampf zwischen Tiphareanern mit Gehirnchips und denen ohne tobt. Gleichzeitig tobt das automatische Sicherheitssystem und tötet alles, was sich bewegt. Last Order führt Alitas Abenteuer in den Weltraum, während sie auf alte Mitarbeiter trifft und neue Gesichter trifft - sowohl Freund als auch Feind - und beginnt, Erinnerungen an ihre Vergangenheit zusammenzufügen.
Gunnm: Last Order wurde vom 23. Juli 2003 bis 11. Oktober 2011 von Viz Media in englischer Sprache als Battle Angel Alita: Last Order veröffentlicht. Kodansha Comics USA veröffentlichte die Bände 16-19 vom 4. Dezember 2012 bis 9. September 2014 aufgrund eines Herausgeberwechsels in der japanischen Ausgabe (Shueisha zu Kodansha). Die Serie wurde von Kodansha vom 26. März 2013 bis 9. Dezember 2014 vollständig als fünfbändige Omnibus-Ausgabe neu veröffentlicht.