Acht Jahre nach den Ereignissen von Macross F, verbraucht ein mysteriöses Phänomen, das als Var-Syndrom bekannt ist, allmählich die Galaxie. Es liegt an einer neuen Generation hochqualifizierter Valkyrie-Piloten, mit dieser universellen Bedrohung umzugehen. Und wenn sie noch nicht genug auf dem Teller hatten, ist das Kampfteam der Aerial Knights Valkyrie aus dem Königreich des Windes gekommen, um das Delta-Geschwader herauszufordern.