Unter dem Deckmantel der Dunkelheit ermordet ein maskierter Samurai sechs Männer in der japanischen Metropole: drei in Tokio, einer in Osaka und der letzte in Kyoto. Bei ihrer Untersuchung erfährt die Polizei, dass jeder Mann Mitglied der Genjibotarua-Diebengang war, die sich auf den Diebstahl buddhistischer Statuen und Artefakte konzentriert und die sich unter den Namen Minomoto no Yoshitunes Diener nennen. Die beiden Mönche werden von den beiden Mönchen in der Kirche in Kyoto aufgerufen, um die Statue zu finden. Der Fall läuft ohne klares Motiv oder Hinweise auf die Identität der anderen Mitglieder, bis ein Tempel in Kyoto den berühmten Kogorou Mouri ruft. Nachdem sie einen anonymen Brief mit einem seltsamen Rätsel erhalten haben, bitten die Tempelmönche um seine Hilfe bei der Lösung, um ihre längst verlorene Statue wiederzufinden. Mit Hattoris Kenntnissen über Kyoto durchsuchen die beiden die Straßen und entdecken allmählich die Wahrheit, aber nicht bevor der Mörder erneut zuschlägt, ein anderes Genjibotaru-Mitglied tötet und nach wiederholten Attentaten auf Hattoris Leben schließlich Hattoris Kindheitsliebe entführt. Nur indem sie zusammenarbeiten, um verborgene Hinweise ans Licht zu bringen, können Conan und Hattori hoffen, das Blutvergießen des Schurkensamurai zu beenden und Hattoris Liebe zu retten.