Diese Serie wurde von Auto Taguchi gezeichnet und von Kodansha veröffentlicht. Darüber hinaus ist sie laut Baka-Updates im Magazin Z serialisiert. Sie teilt ihren Namen mit einem anderen Gundam 00-Manga, der von Kouzoh Ohmari gezeichnet und von Kadokawa veröffentlicht wurde. Die beiden Serien folgen im Wesentlichen der Handlung des Anime, unterscheiden sich jedoch sowohl im künstlerischen Stil als auch in der Abfolge der Ereignisse, die stattfinden. Der erste Band wurde am 17. Januar 2008 veröffentlicht, und derzeit hat die Reihe vier Bände erreicht (Band 2 - 2008/05/23; Band 3 - 2008/08/22; Band 4 - 2008/10/23)
Kidou Senshi Gundam 00 wurde vom 13. Januar 2010 bis 1. Juli 2010 von Bandai Entertainment in englischer Sprache als Mobile Suit Gundam 00 veröffentlicht.