Die Geschichte folgt Xeno Trunks kurz nach der Niederlage von Cell in seiner eigenen Zeitlinie, wird ein Zeitpatrouilleur und hilft Chronoa bei der Konfrontation mit den Zeitbrechern, später bekannt als die Dark Empire Forces aus dem Dämonenreich. Das Dunkle Reich hat ihren Anführer, Mechikabura, wiederbelebt und plant, Artefakte zu holen, die als Dark Dragon Balls bekannt sind, die sich über Zeit und Raum verstreut haben, um ihn in die Blüte seiner Jugend zurückzubringen. Die Dark Dragon Balls haben sich jedoch mit früheren Schurken zusammengeschmolzen, was ihnen neue Kraft verlieh. Jetzt liegt es an Xeno Trunks, zusammen mit neuen Verbündeten wie Xeno Goku und Xeno Vegeta, ihre Pläne zu verhindern.
Super Dragon Ball Heroes: Ankoku Makai Mission! basiert auf dem Arcade-Spiel Super Dragon Ball Heroes.