In naher Zukunft hat ein plötzlicher und unerklärlicher Meeresschub einen Großteil der menschlichen Zivilisation unter Wasser gebracht. Ikaruga Natsuki, ein Junge, der einige Jahre zuvor bei einem Unfall seine Mutter und sein Bein verlor, kehrt enttäuscht von einem harten Leben in der Großstadt zurück, um sein altes Landhaus halb vom Meer verschluckt zu finden. Ohne Familie ist alles, was er zu seinem Namen hat, das Schiff und das U-Boot, die ihm seine Großmutter, die Ozeanologin, hinterlassen hat, und ihre Schulden. Seine einzige Hoffnung, die Träume für die Zukunft wiederherzustellen, die er verloren hat, besteht darin, eine Gelegenheit zu nutzen, die ihm die verdächtige Schuldnerin Catherine bietet. Sie segeln auf, um die versunkenen Ruinen des Labors seiner Großmutter zu durchsuchen, um einen Schatz zu finden, von dem Gerüchte sagen, dass sie ihn dort gelassen hat. Aber was sie finden, sind weder Reichtümer noch Juwelen; es ist ein seltsames Mädchen, das in einem Sarg auf dem. .Atri ist ein Roboter, aber ihr Aussehen und ihre Fülle von Emotionen würden jeden dazu bringen zu glauben, dass sie ein lebender, atmender Mensch ist. Als Dankbarkeit für ihre Rettung erklärt sie Natsuki: "Ich will den letzten Befehl meines Meisters erfüllen. Bis ich das tue, werde ich dein Bein sein!"In einer kleinen Stadt, die langsam vom Ozean umgeben wird, beginnt ein unvergesslicher Sommer für diesen Jungen und dieses mysteriöse Robotermädchen...
Atri: My Dear Moments ist eine Adaption von Frontwing und Makuras gleichnamiger Bildserie.