Inazuma Eleven Ares wird in einer Parallelwelt, die nach den Ereignissen des ersten Spiels stattfindet, und entwickelt die Geschichte aus der Perspektive von drei Protagonisten Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, und Yuuma Nosaka. Die Geschichte dreht sich um eine Gruppe von Jungen auf einer Insel, die gerne Fußball spielen. Ihr Fußballverein wird plötzlich abgeschafft, und der einzige Weg, wie sie es wiedergewinnen können, ist, die Football Frontier zu. Der Protagonist Asuto Inamori und seine Gefährten verlassen die Insel nach Tokio, um an der Raimon Junior High School zu studieren und sich der Fußballgrenze zu stellen. Aber ihr erstes Spiel ist gegen den Nummer eins Seishou Gakuen. (Quelle: Gematsu)