Kimi ni Nidome no Sayonara wo.  

A Second Goodbye to You., 君に二度目のさよならを。

Hinata Harusawa, der als Webdesigner arbeitet, erhält einen Anruf, dass die Leiche seines besten Freundes Sora Otonashi, der in seinem zweiten Jahr der Highschool verschwand, gefunden wurde. Er besucht die Trauerfeier mit den Mitgliedern des Kunstvereins, dem Sora zu der Zeit angehörte, Direktor Hase, stellvertretender Direktor Tokiwa und Senior Shinohara.. Shinohara wird jedoch von jemandem gefangen und Hinata wird ebenfalls angegriffen. Er widersteht verzweifelt, um sein Gemälde zu schützen, aber Hinata verliert allmählich das. Als er aufwacht, findet er sich an "diesem Tag" an "diesem Ort" -!! Was ist die Wahrheit hinter dem Verschwinden und Tod seines besten Freundes?!