Die Geschichte spielt im Jahr 1937 am Vorabend des Zweiten Weltkriegs und handelt von einer mysteriösen Spionage-Ausbildungsorganisation, die als "D-Agentur" bekannt ist. Die Organisation wurde von Oberstleutnant Yuuki von der kaiserlichen japanischen Armee gegründet. Seine Ideale führen ihn dazu, Menschen jenseits von Militärakademie-Absolventen und Personal zu rekrutieren und sie zu erfahrenen Agenten in Manipulationskün. Ein solcher Antiheldenagent, unter dem Namen Jirou Gamou, begibt sich auf eine erschütternde Mission, um geheime Dokumente mit dem Titel "Black Notes" aufzudecken, während er gegen Kräfte innerhalb und außerhalb seiner eigenen Reihen kämpft.
Joker Game ist eine Adaption des 2015 erschienenen Live-Action-Films von Kouji Yanagis' Roman Joker Game.