Die Schauplatz von Fate/Apocrypha ist eine Parallelwelt zu Fate/stay night, in der der Größere Gral nach dem dritten Heiligen Gralkrieg von Fuyuki entfernt und für viele Jahre verschwunden ist. Um die 2000er Jahre, ungefähr zur gleichen Zeit, als der Fünfte Heilige Gralkrieg stattgefunden hätte, erklärt die Gruppe, die den Gral geplündert hat, Yggdmillennia, offen ihre Abtrennung von der Mages Association und dass sie im Besitz des Grals. Die Vereinigung schickt fünfzig Magier, um ihn zu holen, aber alle außer einem werden sofort von Lancer of Black abgeschlachtet. Der Rest schafft es, das Reservesystem des Größeren Grals zu aktivieren, was die Beschwörung von insgesamt vierzehn Dienern ermöglicht. .Dies markiert den Beginn des Großen Heiligen Gralskriegs in Trifas, der zwei verschiedene Fraktionen umfasst, die Schwarze Fraktion, deren Mitglieder Teil von Yggdramillennia sind, und die Rote Fraktion, deren Mitglieder von der Mages Association mit Ausnahme eines aus der Kirche gesandt wurden. Der Gral selbst ruft auch den Herrscher ein, um als Vermittler des Heiligen Gralskriegs zu fungieren.