In der nicht allzu fernen Zukunft 2032, ist die Grenze zwischen Mensch und Maschine überschritten worden. Verbrechen, die von Fleisch- und Metall-Cyborgs begangen werden, werden von Section 9 untersucht, einer Elite-Anti-Terror-Einheit, die von Chief Aramaki und seinem Cyborg-Assistenten, Major Motoko Kusanagi, geleitet wird. Section 9 hat unzähligen Gegnern in der realen Welt und im Cyberspace gegenübergestanden, aber keiner wie 'The Awakened'. Als Major Kusanagi eines der Opfer erwischt, hackt sie in sein Cyberhirn, um die Identität des Anführers zu erfahren - was sie entdeckt, führt sie auf eine Reise tief in das Herz des Cyberspace, eine Reise, die sie bis ins Innerste erschüttert. "Wenn ich die Wahrheit weiß, dann muss ich mich nicht mehr auf die Wahrheit verlassen".