Das Jahr ist nach Kolonie 195, und die Gundam-Jungen haben sich für den ewigen Frieden eingesetzt, indem sie beschlossen haben, ihre Roboterwaffen Gundams zu zerstören. Der Frieden wird jedoch gebrochen, als Mariemaia Khushrenada, die behauptet, die Tochter des verstorbenen Oz-Führers Treize zu sein, Relena entführt und einen Unabhängigkeitskrieg gegen die United Earth Sphere Nation erklärt. Vielleicht ist es an der Zeit, diese Gundam-Einheiten aus dem Ruhestand zu ziehen.
Shin Kidou Senki Gundam Wing: Endless Waltz wurde in englischer Sprache als Gundam Wing: Endless Waltz von Tokyopop veröffentlicht, zuerst im Comic-Format, für insgesamt vier Ausgaben, veröffentlicht zwischen März und Juli 2002, und später im Standard-Tankoubon-Format, 1. August 2002.