Wenn sich die beiden Mädchen treffen, beginnt die Magie. Hazuki Kagimura liebt Geschichten, ein orthodoxes Mädchen, das übermäßig einfallsreich ist. Weil ihre Beziehung zu ihrer neuen Familie nicht gut läuft, schickt die Umgebung sie zu den Geschichten, in denen sie ihre Tage verbringt. Einen Tag nach der Schule geht Hazuki in den Bücherschränken der Bibliothek verloren und führt sie zu einer mysteriösen Schule, in der sie Shizuka Tsuchimikado. trifft. Es ist eine magische Schule, in der Mädchen ("Mädchen" genannt) anhand der magischen Texte ausgewählt werden, aus denen die Geschichten der Welt geboren werden. Hazuki selbst soll vom Buch Aschenputtel ausgewählt worden sein. Um eine wahre Zauberin zu werden, freundet sich Hazuki mit Shizuka an und beginnt ihr neues Leben in der Schule.
Die Geschichte von Märchen Mädchen basiert auf Originalplänen, die der Autor Tomohiro Matsu vor seinem Tod im Jahr 2016 entworfen hat.