Nach dem Training im Ausland segelt Link zurück nach Hyrule, wird jedoch in einem heftigen Sturm zerstört. Er erwacht auf Koholint Island und wird zum Haus eines freundlichen Mannes namens Tarin und seiner Tochter Marin (die eine starke Ähnlichkeit mit Prinzessin Zelda hat) gebracht. Eine mysteriöse Eule sagt Link , dass er, um nach Hause zurückzukehren, den Windfisch erwecken muss, indem er die acht Instrumente der Sirenen sammelt und spielt. Die Bosse in Links Awakening, die die Sireneninstrumente bewachen, sollen die Albträume der Windfische sein. Wenn Link mit allen acht Instrumenten die Ballade des Windfisches spielt, kann er das riesige Ei auf dem Tal Tal-Gebirge betreten, in dem der Windfisch schlummert. Dort muss er sich dem letzten Albtraum stellen, schattigen Erscheinungen, die Umbralvisionen von Feinden aus der Vergangenheit von Link beinhalten.