Die Ausgründung von Persona 4 wurde ein Jahr nach dem Ende von Persona 4 festgelegt. Naoto wird von einem alten Detektivfreund, Touko Aoi, gebeten, das mysteriöse Verschwinden zweier Yagakoro-Studenten zu untersuchen. Dort arbeitet sie mit Sousei Kurogami, zusammen, einem mechanischen Detektiv, der ihr in Bezug auf Persönlichkeit und Methodik das Gegenteil ist. Bei ihrer ersten Begegnung erwacht sie zu einer neuen Person Amatsu Mikaboshi, die es ihr ermöglicht, die Persona-Fähigkeit von Sousei, Tsukuyomi, zu verstärken. Zusammen mit Sousei, entdeckt sie die Midnight Site, eine anonyme Site, auf der fünf Richter, die nach Figuren der japanischen Mythologie benannt sind - Uzume, Sarutahiko, Omoikane, Tajikarao und Futotama - über andere urteilen Ein anderer unter Toukos Aufsicht ist verwandt, als einer der fünf Richter tot auftaucht und die Ballistik auf eine Waffe eines vermissten Polizisten hinweist. Naoto und die anderen müssen die Identität der anderen Richter herausfinden, um sie zu schützen und den Schuldigen herauszufinden, der sie töten will.