Die Geschichte von H₂Os dreht sich um Takuma Hirose, einen blinden jungen männlichen Schüler der Mittelstufe, obwohl die Ursache für seine Blindheit unbestimmt ist. Nachdem seine Mutter einen unerwarteten Tod gestorben war, hinterließ er eine tiefe emotionale Narbe, die ihn sehr einsam und zurückhaltend machte. Aus diesem Grund ziehen Takuma und sein Vater aus der Stadt in eine ländliche Gegend und Takuma wird in eine neue Realschule eingeschrieben. In seiner neuen Schule lernt er mehrere neue Mädchen kennen, von denen er drei von allen am besten kennenlernt. Sie sind das feste und hartnäckige Hayami Kohinata, das freundliche und zuvorkommende Hinata Kagura, und das fröhliche und mysteriöse Otoha.