Viele Jahre nach einem verheerenden Krieg, bei dem 80% der Bevölkerung getötet wurden, wird die Erde von einer Gruppe von Wesen beobachtet, die als The Third, bekannt ist und nach dem dritten roten Auge auf ihrer Stirn benannt ist, das auf verschiedene Computersysteme zugreifen kann. In dieser kargen, apokalyptischen Landschaft navigiert Honoka, ein Alleskönner, der mit seinem mächtigen dritten blauen Auge die Lebenskräfte im Kampf entdeckt, während sie versucht, ihre Freunde vor dem tödlichen Griff von The Third zu bewahren.
The Third: Sabaku no Hoshi no Apprentice Girl wurde vom 11. März 2008 bis 8. Juli 2008 von Tokyopop in englischer Sprache veröffentlicht. Es wurde vom 27. Januar 2015 bis 24. Februar 2015 von VIZ Media unter dem VIZ Select-Impressum digital neu veröffentlicht.