Die Geschichte beginnt in naher Zukunft, wenn die Ozeane der Erde gestiegen sind und den größten Teil des Meereslandes auf der Erde überflutet haben. Der Schurkenwissenschaftler Zorndyke verursachte die Überschwemmung, bei der unzählige Menschen ums Leben kamen, und die meisten verbleibenden Städte der Menschheit wurden von der Zorndykes-Armee von Halbtier- "Hybriden" angegriffen oder zerstört. Die verbleibenden Menschen beginnen Krieg gegen Zorndykes Seekreationen zu führen, um einfach zu überleben. Die beste Hoffnung der Menschheit auf eine Lösung des Konflikts liegt bei ihren U-Boot-Kräften, zu denen auch der Schwerpunkt der Geschichte Blue Submarine # 6 gehört. Es zeigt sich, dass Zorndyke versucht, den Konflikt zugunsten seiner hybriden Kinder entscheidend zu beenden, indem er am Südpol künstlich einen Polarschalter mit Geothermie induziert.