Die Geschichte beginnt in ferner Zukunft in den Fernen der Galaxie. Die Human Galactic Alliance hat ständig um ihr Überleben gegen eine groteske Rasse von Wesen namens "Hidiaazu" gekämpft. Während eines intensiven Kampfes werden der junge Leutnant Redo und seine humanoide mobile Waffe Chamber in eine Verzerrung von Zeit und Raum verschluckt. Redo erwacht aus seinem künstlich ausgelösten Winterschlaf und stellt fest, dass er auf der Erde angekommen ist, dem Planeten an der verlorenen Grenze. Auf diesem Planeten, der vollständig von den Meeren überflutet wurde, leben Menschen in Flotten riesiger Schiffe und retten Relikte aus den Tiefen der Meere, um zu überleben. Redo kommt mit einer der Flotten namens Gargantia an. Ohne Kenntnis der Geschichte oder Kultur der Planeten ist er gezwungen, neben Amy, zu leben, einem 15-jährigen Mädchen, das als Bote an Bord der Gargantia-Flotte dient. Für Redo, der ein Leben geführt hat, in dem er nur kämpfen kann, überraschen ihn diese Tage des Friedens weiterhin. (Quelle: ANN)