Nachdem Anführer X am Ende von Gatchaman II, scheinbar endgültig zerstört ist, wächst ein Fragment von ihm, das überlebt hat, und mutiert zu Z. Mit dem Oberhaupt der Egobossler-Familie, Graf Egobossler (und seinen beiden Untergebenen Mechandol und Kempler), ist Z gespannt Nach Andersons Tod wurde Dr.Nambu zum neuen Leiter der ISO ernannt, während das Team nun auf die Gallatown (auch bekannt als "G-Town") unter Wasser beschränkt ist Base. Ingenieur Kamo wird vorgestellt und nachdem der neue GodPhoenix frühzeitig zerstört wurde, erhält das Team den neuen Gatchaspartan als Mecha. Der Gatchaspartan hat auch einen speziellen Modus namens Hypershoot, der nur von Ken (mit seinem neuen "Gatchafencer" -Schwert) verwendet werden kann. Im Verlauf der Serie wird festgestellt, dass die Strahlenexposition durch den ständigen Gebrauch des Hypershoot langsam abnimmt Ken, und diese fortgesetzte Verwendung würde den Tod bedeuten. In der Zwischenzeit plant Z, die Erde mit einem Antimaterie-Asteroiden mit dem Codenamen "Poison Apple" zu zerstören.