Vor fünfzehn Jahren kollidierte ein Kreuzfahrtschiff in einem kargen Abschnitt des Pazifiks mit einem Eisberg und ging auf See verloren. Mehr als ein Jahrzehnt später starb der Schiffsingenieur Hideto Yashiro bei einem tödlichen Autounfall. Die unwahrscheinliche Verbindung zwischen diesen Ereignissen wird erst auf dem Luxusliner St. Aphrodite während ihrer Jungfernfahrt deutlich. An Bord eines dringend benötigten Urlaubs genießen Kogorou Mouri, seine Tochter Ran, Conan Edogawa, und die Detective Boys eine Reise der Familie von Sonoko Suzuki. Aber ihr Spaß wird bald unterbrochen, wenn ein Versteckspiel zum Verschwinden von Sonoko führt. Einige Zeit später wird der CEO der Yashiro -Gruppe, der die St. Aphrodite gebaut hat, erstochen aufgefunden und ihr Vater vermisst. Während die polizeiliche Untersuchung in eine Sackgasse gerät, nähert sich Conan dem Täter. Die Täterin will nicht festgenommen werden und droht, die heilige Aphrodite in die Luft zu jagen und alle ihre Passagiere zu versenken. Während sich der Schiffsrumpf schnell mit Wasser füllt, wird die Wahrheit hinter den rachsüchtigen Morden endlich enthüllt. Conan und Kogorou müssen sich mit dem schwer fassbaren Täter auseinandersetzen, bevor alle an Bord auf den Meeresboden gezogen werden. Quelle: MyAnimeList