Motoko Kusanagi ist die mysteriöse, sogar rätselhafte Frau, die seit Jahren eine Gruppe von SpecOps leitet und von Aramaki angeworben wurde, um für Abschnitt 9 zu arbeiten. Über sie, ihre Herkunft, ihr Geburtsdatum usw. ist fast nichts bekannt. Sie konnte nicht älter sein als 60 oder so, da die weit verbreitete Verwendung der vollständigen Cyborgisierung bis dahin nicht in Gebrauch war. Sie war in sehr jungen Jahren voll cyborged und als sie "wuchs", durchlief sie eine Reihe künstlicher Körper. Dies trug wahrscheinlich mehr als alles andere zu ihrer großen Leichtigkeit bei, Cyborg-Körper verschiedener Typen zu kontrollieren, sogar mehrere gleichzeitig. Geheimnisvoller ist ihre unglaubliche Fähigkeit als Hackerin, da sie sich in einem Cyborg-Körper genauso wohl fühlt wie ohne einen, während sie im Netz taucht. Sie ist auch offiziell als Super Wizard Class Hacker registriert. Ihr romantisches Leben bezieht offiziell niemanden in die Serie Stand Alone Complex ein; Im ursprünglichen Manga ist sie jedoch bisexuell und datiert für einige Zeit die Leiterin von Abschnitt 1.