Ayanami Rei ist das "Erste Kind" des Marduk-Berichts und der Pilot von EVA-00. In Geheimnisse gehüllt, ist sie sozial zurückgezogen und zeigt selten Emotionen. Scheinbar ganz ihrer Pflicht als EVA-Pilotin gewidmet, ihre einzige offensichtliche menschliche Beziehung besteht zu Nerv-Kommandant Ikari Gendou. Rei lernt jedoch Ikari Shinji kennen und nach anfänglichem Misstrauen verstehen sie sich besser, enthüllen mehr von Rei's emotionaler Seite und helfen Shinji, anderen wieder zu vertrauen.