Es ist ein volles Jahr seit dem Ende des Vorfalls mit Sword Art Online und zehn Monate seit dem Ende des Vorfalls mit ALfheim Online vergangen. Obwohl sich die Dinge seit einiger Zeit wieder normalisiert hatten, ereignen sich in einem anderen VRMMO-Spiel namens Gun Gale Online (GGO) mysteriöse Vorfälle, bei denen in zwei Fällen ein Spieler im Spiel von einer mysteriösen Person in einem Mantel erschossen wird, die sich "Tod" nennt Gun "und der Schussspieler trennen sich auf mysteriöse Weise nach ein paar Sekunden, nur dass ihr wirklicher Körper Tage später tot aufgefunden wird. Nach dem zweiten derartigen Vorfall wird Kirigaya Kazuto von einem Mitglied der VR Crimes Division, Kikuoka Seijirou, gebeten, die Gerüchte zu untersuchen, dass die Vorfälle im Spiel mit dem Tod der Spieler in der realen Welt zusammenhängen hat eine Anforderung an seine Ziele: Die Leute, die er angeblich tötet, sind alle Top-Spieler. Kazuto willigt ein, seinen ALfheim Online-Avatar mithilfe der Charakterumwandlungsfunktion The Seeds in Gun Gale Online umzuwandeln, um an dem bekanntesten Turnier des Spiels, dem Bullet of Bullets, teilzunehmen , um die Aufmerksamkeit der mysteriösen Todeswaffe auf sich zu ziehen. (Quelle: Sword Art Online Wikia)
Sword Art Online: Phantom Bullet wird seit dem 26. Januar 2016 von Yen Press in englischer Sprache veröffentlicht.